Intratumoral B and T cell receptors: reconstruction and analysis

When cells divide, mistakes happen. However, an intricate surveillance system has evolved to detect and eliminate anomalous cells before they become detrimental to the host organism. In cancer, abnormal cells manage to escape the immune system and grow uncontrollably. In this sense, cancer can be considered as an oversight of the immune system, as immune escape is a defining feature of clinically detectable cancers. The role of the immune system in fighting cancer is becoming increasingly indisputable as our understanding of its underlying mechanisms expand owing to technological advances in genomics, cancer biology, and computational sciences. In particular, significant research effort is undertaken in the field of cancer immunotherapy, where the immune system is stimulated to recognize and attack cancerous cells. In this thesis, I investigate certain aspects of the immune system in the context of cancer by computationally reconstructing and analyzing intratumoral B and T cell receptors. Applying a novel immune cell receptor profiling protocol to original single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data obtained from melanoma patients, I present a complete computational reconstruction of intratumoral immune receptors in this cancer type. The scRNA-seq results are consistent with the presence of an ongoing intratumoral immune response, likely involving tertiary lymphoid structures and the cooperation between B and T cells. Additionally, using a dataset of paired tumor biopsies collected pre- and post-treatment, I show that B cell infiltration increases after immunotherapy in pancreatic and colorectal cancer. This thesis includes the sequences of the most clonally expanded intratumoral antibodies expressed in these biopsies which I computationally reconstructed from bulk RNA sequencing reads. Furthermore, by combining scRNA-seq and immune cell receptor profiling of samples collected from a novel mouse model, I present a comprehensive statistical analysis of gene expression in clonal tumor-reactive T cells. I also show the distribution of tumor-reactive clones across the tumor and spleen. This study forms a first proof-of-principle effort for the in-depth assessment of tumor-reactive T and B cell clones, in-vivo, and paves the way for further, more extensive experiments

Nazilli-143 Pamuk (Gossypium hirsutum L.) Genotipinde Farklı Bitki Büyüme Düzenleyicilerinin Hipokotil Eksplantlarından Kallus İndüksiyonu Üzerine Etkisi ve Somatik Embriyo Aracılığıyla Bitkicik Rejenerasyonu

A simple and reliable protocol has been developed for plantlet regeneration through somatic embryogenesis from suspension cultures of Gossypium hirsutum L. cv. Nazilli-143. Embryogenic callus was initiated from hypocotyl tissues of 7-day-old seedlings. High induction frequencies of the embryogenic callus were obtained on medium containing Murashige and Skoog (MS) salts, Gamborg’s B5 medium (B5) vitamins, 30 g L-1 glucose, 0.75 g L-1 MgCl2, 0.1 mg L-1 Kinetin and 0.1 mg L-1 2,4-Dichlorophenoxyacetic acid (2,4-D) and the medium was solidified using 0.7% (w/v) agar (pH 5.8). Embryogenic calli were placed on plant growth regulator (PGR)-free liquid MS medium in order to establish suspension cultures for somatic embryo induction. Suspensions were sieved and the globular somatic embryos were collected and plated onto various types of semi-solid media. Embryo proliferation and maturation processes were best observed on medium containing 2/3 MS plus 1.3 g L-1 KNO3 free from PGR. Plantlets were recovered from 36 % of the matured embryos. Plantlets with a root system and true leaves were removed from the sterile culture and were transferred into a plant growth chamber.Gossypium hirsutum L. cv. Nazilli-143’ün hücre süspansiyon kültürlerinden somatik embriyo yolu ile bitkicik rejenerasyonu için basit ve güvenilir bir protokol geliştirilmiştir. Embriyogenik kallus 7 günlük fideciklerin hipokotil dokularından başlatılmıştır. En yüksek embriyogenik kallus oranı Murashige ve Skoog (MS) besin ortamının makro ve mikro elementleri, Gamborg (B5) besin ortamının vitaminleri ile 30 g L-1 glukoz, 0,75 g L-1 MgCl2, 0,1 mg L-1 Kinetin ve 0,1 mg L-1 2,4 Diklorofenoksi asetik asit (2,4-D) içeren ve % 0,7 (w/v) agar ile yarı katı hale getirilmiş besin ortamında (pH 5.8) elde edilmiştir. Somatik embriyo indüksiyonu için süspansiyon kültürlerini kurmak amacıyla, embriyogenik kalluslar bitki büyüme düzenleyicisi içermeyen sıvı MS besin ortamında kültüre alınmıştır. Süspansiyon kültürleri süzülmüş ve globular yapıdaki somatik embriyolar toplanarak çeşitli yarı katı besin ortamlarına aktarılmışlardır. Embriyo çoğaltımı ve olgunlaşması en iyi, 1,3 g L-1 KNO3 eklenmiş, bitki büyüme düzenleyicisi içermeyen 2/3 MS besin ortamında gözlenmiştir. Olgunlaşmış embriyoların % 36’sından bitkiciğe dönüşüm gerçekleşmiştir. Köklü ve gerçek yapraklara sahip bitkicikler steril kültürden uzaklaştırılmış ve bitki büyüme kabinine transfer edilmişlerdir

Changing Uses of the Middle-Class Living Room in Turkey:The Transformation of the Closed-Salon Phenomenon

Structured as a think piece, this study examines the transformation of Turkish middle-class living room practices and their material settings from the 1930s to the 2010s in accommodating the changing uses of that space. First, the spatial division between the public and private aspects of domestic interiors in the culture of the early Turkish Republic is discussed, with a focus on the change from traditional uses to more Westernized and modern functions and styles; through the review of relevant literature, the development of the living room as it reflects changes in the domestic culture of the early Turkish Republic is traced. Next, the closed-salon practice, which excludes daily routines and everyday clutter and requires a high level of cleanliness and order, is discussed as the dominant prototype. Finally, the paper analyzes the transformation of this prototype to meet the evolving role of the living room in the middle-class Turkish home

In vitro clonal micropropagation of vigna caracalla l. verdc.

Vigna caracalla L. Verdc., “İzmir sarmaşığı’’ olarak da adlandırılan, hoş kokulu güzel çiçekleriyle dikkat çeken bir süs bitkisidir. Bu çalışmada, Vigna caracalla L. Verdc. bitkisinde in vitro klonal mikroçoğaltımın gerçekleştirilmesi için etkili bir protokolün geliştirilmesi amaçlanmıştır. Tohumlar, farklı sterilizasyon yöntemlerine maruz bırakıldıktan sonra MS besin ortamlarında kültüre alınmışlar. En yüksek sterilizasyon (%93.33) oranı (%93.33); 1 dk %70 etil alkol, 4 dk %0.1 HgCl2 uygulamasının ardından, 7 saat suda bekletilen tohumlarda elde edilmiştir. En yüksek çimlenme yüzdesi (%95.24), N6 besin ortamı içeren 250 mL’lik erlenlerde gözlenmiştir. En yüksek ortalama sürgün uzunluğu (5.05 cm) 1 mg/L IBA + 0.5 mg/L BAP içeren MS besin ortamında kültüre alınan sürgün ucu eksplantlarından elde edilmiştir. Jelleştirici ajan, ışık şiddeti ve eksplant tipinin sürgün rejenerasyonuna etkisinin belirlenmesi için yapılan denemelerde ise en yüksek çoğaltım katsayısı (1.71) ve yaprak boyu (0.82 cm), Duchefa agar ile katılaştırılmış N6 besin ortamında 4200 lüks ışık şiddetine maruz bırakılan nod eksplantlarından elde edilmiştir. Bu çalışma kapsamında, fazla hiperhidrisite göstermeyen ve çoğaltım oranı daha yüksek olan 16 adet klonun mikroçoğaltım denemelerinde uygun reaksiyon verdiği belirlenmiştir. En yüksek kök rejenerasyonu (%85.71), Fluka agar ile katılaştırılmış N6 besin ortamındaki 4200 lüks ışık şiddetine maruz bırakılan sürgün ucu eksplantlarında saptanmıştır. Köklü sürgünler, %70 başarı yüzdesi ile aklimatize edilmişlerdir.Vigna caracalla L. Verdc. is an ornamental plant, having with its beautiful odorous remarkable flowers, named as "İzmir's ivy". In this study, it was aimed to develop an effective protocol for in vitro clonal micropropagation in Vigna caracalla L. Verdc. plant. The seeds were cultured in MS medium after exposed to different sterilization methods. The highest percentage of sterilization (93.33%) were achieved when the seeds were soaked in 70% ethyl alcohol for 1 min, 0.1% HgCl2 for 4 min and then kept sterilized distilled water for 7 hours. The highest percentage of germination (95.24%) was observed in 250 mL Erlenmeyer flasks containing N6 medium. The highest shoot length (5.05 cm) was obtained from shoot tip explants cultured in MS medium containing 1 mg/L IBA + 0.5 mg/L BAP. In the experiments carried out to determine the effect of gelling agent, light intensity and explant type on shoot regeneration, the highest multiplication coefficient (1.71) and leaf length (0.82 cm) was achieved in node explants cultured in N6 medium solidified with Duchefa agar and exposed to 4200 lux light intensity. Within the scope of this study, it was determined that 16 clones that did not show much hyperhydricity and had higher multiplication rate gave appropriate responses for micropropagation experiments. The highest root regeneration (85.71%) was achieved from shoot tip explants cultured in N6 medium solidified with Fluka agar and exposed to 4200 lux light intensity. The rooted plantlets were acclimatized with 70% success

Synthesis and characterization of new amphiphilic polymeric cryogels

Kriyojeller, kriyopolimerizasyon (kriyotropik jelleşme) şartlarında sentezlenen hidrojel sınıfına ait polimerik jel matrislerdir. Kriyojeller, genellikle birbiriyle bağlı süpermakrogözenekli süngerimsi esnek bir yapıya, yüksek gözenek yoğunluğuna sahip, sentezlenirken çözücü ve gözenek yapıcı olarak toksik madde gerektirmemeleri ve mekanik olarak dayanıklı olmaları sayesinde biyomedikal amaçlı birçok alanda uygulamaya sahiptirler. Amfifilik blok kopolimerlerin devamlı artan bir şekilde uygulamaları nedeniyle bu tür polimerleri üretmek; fizikokimyasal özelliklerini araştırmak ve geliştirmek gerekmektedir. Amfifilik kopolimerler hidrofobik ve hidrofilik polimerlerden ibaret hem polar hem non-polar fazlara ilgi duyan kopolimerlerdir. Birbiriyle uyuşmayan bloklardan oluşan bu kopolimerlerin amfifilik tabiatı onlara seçimli çözücülerde çok farklı özellikler kazandırır. Kütle yapısı içinde olduğu gibi aynı zamanda yüzeyde de mikrofaz ayrımına sebep olurlar. Seçimli ortam varlığında, çözücü içinde veya yüzeylerde, kendi içlerinde düzenlenmeleri, bir bloka göre çözücü ortamında diğer blok çökeceğinden dolayı kolloidal dağılım halini alır ve böylece miseller şeklinde yığılımlara, mikroemülsiyonlara ve absorblanmış polimer tabakalarının oluşmasına sebep olurlar. Bu tez kapsamında, amfifilik türden yeni nesil polimerik sistemler amfifilik kriyojellerin sentezlenmesi ve karakterizasyonu amaçlanmıştır. Oldukça hidrofilik yapıda olduğu bilinen kriyojeller, hidroksillenmiş polimerik yağ asitleri ile aynı polimer matrisinde buluşarak, hidrofilik ve hidrofobik yapıyı bir arada bulunduran yeni nesil amfifilik kriyojel sentezlenmesi amaçlanmaktadır. Yapısal olarak literatürde pek rastlanmayan yeni amfifilik kriyojel sentezi için ana monomer HEMA (2-hidroksi etil metakrilat) monomeri tercih edilmiştir. HEMA monomeri, suda çözünebilir, biyouyumludur, kimyasal ve hidrolitik olarak kararlı yapıdadır. HEMA monomerinin yanında komonomer olarak önce oto-oksidasyon, sonrasında ise hidroksilasyon reaksiyonuna tabi tutularak modifiye edilmiş soya yağından üretilen polimerik linoleik yağ asidi kullanılmıştır. Sentezlenecek poly(HEMA-LinaOH) kriyojellerinin içeriğindeki hidroksillenmiş yağ asidi oranının değişimine karşılık kriyojelin morfolojik ve ısısal analiz değişimleri incelenmiştir. Sentezlenen kriyojellerin şişme özellikleri su ve farklı çözücülerdeki sıvı tutma kapasitesine göre incelenmiştir. Kriyojellerin yapısal karakterizasyonları için FTIR-ATR, yüzey ve morfolojik analizleri için SEM, elementel analiz EDAX, ısısal analileri için DSC, TGA yöntemleri kullanılarak yapılmıştır. Anahtar Kelimeler: Amfifilik polimerler, Kriyojel, HEMA (2-hidroksi etil metakrilat), LinaOH, Linoleik asitCryogels are polymeric gel matrices belonging to the class of hydrogels synthesized under cryopolymerization conditions. Cryogels are generally used in many fields for biomedical purposes thanks to their interconnected supermacroporous spongy flexible structure, high pore density, not requiring toxic substances as a solvent and pore maker when synthesized, and being mechanically durable. Due to the ever-increasing application of amphiphilic block copolymers, it is possible to produce such polymers; It is necessary to investigate and improve its physicochemical properties. Amphiphilic copolymers are copolymers of interest in both polar and non-polar phases consisting of hydrophobic and hydrophilic polymers. The amphiphilic nature of these copolymers, which consist of incompatible blocks, gives them very different properties in selective solvents. They cause microphase separation on the surface as well as in the mass structure. In the presence of selective media, in the solvent or on the surfaces, their arrangement within themselves takes the form of colloidal dispersion due to the fact that the other block will collapse in the solvent medium relative to one block, and thus cause agglomerations in the form of micelles, microemulsions and the formation of absorbed polymer layers.Within the scope of this thesis, the synthesis and characterization of amphiphilic type new generation polymeric systems amphiphilic cryogels are aimed. It is aimed to synthesize a new generation amphiphilic cryogel that contains hydrophilic and hydrophobic structure by meeting the hydroxylated fatty acids in the same polymer mix and polymerizing together, which are known to be highly hydrophilic. The main monomer HEMA (2-hydroxy ethyl methacrylate) was preferred for the synthesis of new amphiphilic cryogel which is structurally not encountered in the literature. HEMA monomer is water soluble, biocompatible, chemically and hydrolytically stable. In addition to HEMA monomer, linoleic fatty acid produced from modified soybean oil by first auto-oxidation and then hydroxylation reaction was used as comonomer. The morphological and thermal analysis changes of the cryogel against the change in the hydroxylated fatty acid ratio in the content of the poly (HEMA-LinaOH) cryogels to be synthesized were examined. The swelling properties of the synthesized cryogels were investigated according to their liquid holding capacity in water and different solvents. FTIR-ATR for structural characterization of cryogels, SEM for surface and morphological analysis, EDAX for elemental analysis, DSC for thermal analysis, TGA methods were used. Keywords: Amphiphilic polymers, Cryogel, HEMA (2-hydroxy ethyl methacrylate), LinaOH, Linoleic aci

Mekân-Politika Ekseninde Konya Kültürpark’ın Dönüşümü

Erken Cumhuriyet Dönemi’nin en önemli modernizasyon projelerinden biri olan kültürparklar, barındırdıkları eğlence tesisleri ve rekreasyonel faaliyetleri ile çağdaş yaşam modelini kentsel yeşil alanda temsil etmişlerdir. Halkı eğitmek ve aydınlatmak için ulusal idealleri ve Cumhuriyet modernitesini sembolize eden kültürparklar, serbest zaman aktivitelerinin sosyal ve kültürel pratiklerle içselleştirildiği yeni mekânsal arayışların ürünleridir.Türkiye’de 1930’larla birlikte modernitenin yansıması olarak pek çok kentte yaygınlaşan kültürpark fikri, kültürel normların ve sosyal davranışların batılı yaşam tarzını inşa ettiği kamusal alan olarak süregelmiştir. Bu çalışma Konya Kültürpark’ı, tarihsel ve mekânsal gelişimi çerçevesinde ileri dönem kültürparkların bir örneği olarak Türkiye’deki siyasi ideolojiler üzerinden algılanma biçimleri ve çağrışımları ile birlikte incelemektedir. Çalışma, kendinden önceki örneklere dayanarak 1960 ve 70’lerin modern dilinin yansıması olarak oluşturulan Konya Kültürpark’ı, aynı alanda 2008 yılında dönüştürülerek yeniden üretilen bir kültürpark ile karşılaştırmakta ve farklılıklarını ortaya koymaktadır. Konya Kültürpark’ın modernleşme politikaları doğrultusunda şekillenmesi ve mekânsal temsiliyete ilişkin pratiklerin mekân siyaseti üzerinden sosyo-kültürel bağlamda dönüşümü bu çalışmada eleştirel bir yaklaşımla irdelenmiştir. Böylece Konya Kültürpark’a ilişkin mimari dil, biçim, politik söylemler ve toplumsal pratikler kıyaslama yapılarak incelenmişti

Mekân-Politika Ekseninde Konya Kültürpark’ın Dönüşümü

Erken Cumhuriyet Dönemi’nin en önemli modernizasyon projelerinden biri olan kültürparklar, barındırdıkları eğlence tesisleri ve rekreasyonel faaliyetleri ile çağdaş yaşam modelini kentsel yeşil alanda temsil etmişlerdir. Halkı eğitmek ve aydınlatmak için ulusal idealleri ve Cumhuriyet modernitesini sembolize eden kültürparklar, serbest zaman aktivitelerinin sosyal ve kültürel pratiklerle içselleştirildiği yeni mekânsal arayışların ürünleridir.Türkiye’de 1930’larla birlikte modernitenin yansıması olarak pek çok kentte yaygınlaşan kültürpark fikri, kültürel normların ve sosyal davranışların batılı yaşam tarzını inşa ettiği kamusal alan olarak süregelmiştir. Bu çalışma Konya Kültürpark’ı, tarihsel ve mekânsal gelişimi çerçevesinde ileri dönem kültürparkların bir örneği olarak Türkiye’deki siyasi ideolojiler üzerinden algılanma biçimleri ve çağrışımları ile birlikte incelemektedir. Çalışma, kendinden önceki örneklere dayanarak 1960 ve 70’lerin modern dilinin yansıması olarak oluşturulan Konya Kültürpark’ı, aynı alanda 2008 yılında dönüştürülerek yeniden üretilen bir kültürpark ile karşılaştırmakta ve farklılıklarını ortaya koymaktadır. Konya Kültürpark’ın modernleşme politikaları doğrultusunda şekillenmesi ve mekânsal temsiliyete ilişkin pratiklerin mekân siyaseti üzerinden sosyo-kültürel bağlamda dönüşümü bu çalışmada eleştirel bir yaklaşımla irdelenmiştir. Böylece Konya Kültürpark’a ilişkin mimari dil, biçim, politik söylemler ve toplumsal pratikler kıyaslama yapılarak incelenmişti

Covid-19 ile mücadelede bitkilerin olası rolü

2019 yılının sonlarına doğru Çin’in Wuhan eyaletinde başlayan ve hızla yayılan Covid-19 pandemisi ile tüm dünyada yaşam durma noktasına gelmiş çok sayıda insan hayatını kaybetmiştir. Varolan kriz araştırmacıları süratli çözüm bulmaya yönlendirmiş ve farklı araştırma konularında çalışmalara başlanmıştır. SARS ve MERS salgınları sırasında kullanılan tedavi yöntemleri hastaların iyileştirilmesinde yetersiz kalmış ve tam etkili protokollerin geliştirilmesi amacıyla farklı kaynaklar araştırılmaya başlanmıştır. Bu kaynaklardan birisi olan bitkiler, farklı biyoteknolojik yollar aracılığıyla aşı üretiminde kullanılabilecekleri gibi, sahip oldukları sekonder metabolitler nedeniyle tedavi amaçlı olarak da değerlendirilmektedir. Bitkilerin çeşitli viral hastalıkların tedavisinde daha önceki salgınlarda da kullanıldığı, güvenli, hızlı ve etkili bir çözüm yolu sunabildikleri gösterilmiştir. Bitkilerin aşı ve antiviral proteinlerin üretimleri için biyoreaktör olarak kullanımları, kitlesel üretimlere izin verecek nitelikte ucuz bir tekniktir. Bitkiler sahip oldukları sekonder metabolitlerin gösterdikleri antiviral etki ile virüslerle mücadelede etkili araçlar olarak kabul edilebilirler. Gerçekleştirilen bu derlemede tüm dünyada kitlesel bir sağlık krizine neden olan SARS-CoV- 2 virüsü ile ilgili genel bilgiler verildikten sonra, viral salgınlarda aşı üretim yöntemleri, bitkilerden elde edilen aşılar, yenebilir aşıların Covid-19 aşısı olarak kullanım potansiyelleri ve bitki sekonder metabolitlerinin antiviral etkilerinin salgının kontrolündeki rolleri üzerine bilgiler özetlenmiştir

IMPORTANCE OF ORGANIC COTTON FOR TURKEY

Cotton production has been improved in respect to amount and quality with contributions of scientific and technological innovations. Increased sensitivity to health and environmental issues has caused development of new subjects such as organic agriculture. Organic production systems are based on specific standards that combine tradition, innovation and science. It sustains human and animal health and maintains ecosystem and soil quality. The goal of the organic cotton production system is to sustain human and animal health and maintain ecosystem and soil quality by the producing the cotton without synthetic chemical fertilizers, herbicides, insecticides, growth regulators, growth stimulators, boll openers or defoliants [1, 2, 3]. It is a consistency approach since natural fertilizer (usually from animal husbandry) and natural pesticides (Neem-based pesticides, Biosoap, Vegetable oils etc.) are used and it thus represents a circular economy in the agricultural sector [4]